Strategia Bałtycka powstała, aby sprzyjać konkurencyjności w regionie i ratować środowisko morskie. Strategia nie wiąże się z żadnymi dodatkowymi kosztami, lecz polega na lepszym skoordynowaniu instniejących zasobów. Strategia ma trzy główne cele:
- Czystsze Morze Bałtyckie poprzez skoordynowanie działań przeciwko kwietnieniu glonów, eutrofikacji, odławianiu i zanieczyszczaniu. Proponuje się m.in. zakaz używania fosfatów w środkach czyszczących.
- Sprzyjanie wzrostowi gospodarczemu i usprawnienie wewnętrznego rynku. To z kolei sprzyja konkurencyjności, gdyż region staje się bardziej atrakcyjny dla zagranicznych inwestorów, przedsiębiorstw, naukowców i siły roboczej. W końcu i dla turystów.
- Bezpieczniejszy region poprzez zwalczanie handlu żywym towarem, wzmocnienie współpracy policyjnej, usprawnienie nadzoru morskiego oraz współpracę militarną między krajami bałtyckimi. Innym celem jest bliższa współpraca na rzecz zapobiegania poważnym awariom środowiskowym, szczególnie w świetle intensywnego ruchu na Bałtyku.