Según cual fuere el asunto la UE tiene diferentes maneras de tomar decisión. En la mayoría de los casos el Consejo debe llegar a un acuerdo con el Parlamento Europeo sobre la base de una propuesta presentada por la Comisión. Esto se aplica a cuestiones tales como la libre circulación ente los Estados miembros, el medio ambiente, los transportes, las investigaciones, el euro y la cooperación aduanera.
Para expresarlo en forma sencilla, la UE suele tomar sus decisiones de la siguiente manera:
1. La Comisión presenta una propuesta.2. El Parlamento Europeo y el Consejo discuten la propuesta.3. El Consejo toma una decisión, algunas veces juntamente con el Parlamento.
El proceso de co-decisión es la manera más común de tomar este tipo de decisiones. Esto significa que tanto el Consejo como el Parlamento pueden enmendar una propuesta de la Comisión y que ambas instituciones deben estar de acuerdo para que una propuesta sea aceptada. Este es el proceso en el que el Parlamento Europeo tiene mayor influencia en lo que a la esencia de una decisión respecta. En otros casos, el Parlamento Europeo únicamente puede expresar su opinión sobre una propuesta de la Comisión sin que el Consejo esté obligado a observar lo dicho por el Parlamento.
En lo que a la cooperación en materia de Política Exterior y de Seguridad Común de la UE, de trabajo policial y de Derecho Penal respecta, los Estados miembros no han transferido el poder de decisión a la UE. Las decisiones se toman principalmente por medio de negociaciones en el Consejo y son semejantes a acuerdos internacionales. El Parlamento Europeo tiene poca o ninguna influencia.