Puheenjohtajamaan tärkein tehtävä on johtaa ja organisoida ministerineuvoston työtä. Tämän työn pohjalla on ministerineuvoston vuosittain tammikuussa valmistuva työohjelma. Lisäksi puheenjohtajamaa tuo työhön omia painotuksiaan. EU:n puheenjohtajan tulee myös olla valmis toimimaan odottamattomien tapahtumien tai kansainvälisten kriisien ilmaantuessa.
Puheenjohtajamaan vastuulla on laatia esityslistoja, kutsua koolle kokouksia ja toimittaa kaikille muille maille tarvittavat materiaalit ja tiedot. Muodollisesti kaikki päätökset tehdään ministerineuvoston kokouksissa, mutta suuri osa työstä tehdään kokousten valmistelujen yhteydessä. Usein päätös ministerineuvostossa on pelkkä muodollisuus, koska jäsenvaltiot ovat jo etukäteen hyväksyneet ehdotuksen.
Valmistelutyö tehdään pysyvien edustajien komiteassa Coreperissä ja ministerineuvoston noin 160:ssä eri komiteassa ja työryhmässä. Yhden puheenjohtajuuskauden aikana näissä ryhmissä pidetään noin 3 000 kokousta. Puheenjohtajamaa johtaa myös näiden ryhmien työtä.
Toinen tärkeä puheenjohtajamaan tehtävä on tehdä kompromissiehdotuksia ja toimia välittäjänä muiden jäsenvaltioiden välillä. Toisin kuin muiden maiden, puheenjohtajamaan ei tule ensisijaisesti puhua oman käsityksensä puolesta tietyssä asiassa, vaan pikemminkin pyrkiä sovittamaan muiden maiden näkemyksiä yhteen, jotta päätöksenteko helpottuisi.
Puheenjohtajamaan tehtävä on myös hoitaa ministerineuvoston suhteita EU:n muihin toimielimiin. Tämä tarkoittaa sitä, että puheenjohtajamaa edustaa kaikkia muita jäsenmaita suhteessa Euroopan parlamenttiin, komissioon ja muihin toimielimiin.
Puheenjohtajuuskautensa alussa puheenjohtajamaa esittelee työohjelmansa Euroopan parlamentissa, Euroopan talous- ja sosiaalikomiteassa sekä Euroopan unionin alueiden komiteassa. Puheenjohtajamaa hoitaa myös neuvottelut Euroopan parlamentin kanssa uudesta lainsäädännöstä päätettäessä. Puheenjohtajamaan ministerit osallistuvat myös Euroopan parlamentin kyselytunteihin.
Eräissä kysymyksissä puheenjohtaja tekee yhteistyötä myös komission kanssa, esimerkiksi ennen neuvotteluja kansainvälisistä kauppasopimuksista.
Puheenjohtajamaa vastaa unionin ulkopolitiikan koordinoinnista ja edustaa EU:ta tapaamisissa unionin ulkopuolisten maiden sekä kansainvälisten järjestöjen kanssa. Tässä työssä puheenjohtajaa avustaa neuvoston pääsihteri Javier Solana.