La tâche la plus importante de la présidence consiste à diriger et à organiser les travaux au sein du conseil des ministres. Elle se fonde pour cela sur le programme de travail annuel du conseil des ministres, élaboré tous les ans en janvier. La présidence y ajoute ses priorités. La présidence de l’UE doit également être prête à agir dans le cas où des questions inattendues ou des crises internationales surviendraient.
La présidence est chargée d’établir les ordres du jour, les convocations aux réunions, et de fournir aux autres pays les informations utiles. Les décisions formelles sont prises par les conseils de ministres, mais une grande partie du travail est effectuée lors de la phase de préparation à ces réunions. Dans bien des cas, la décision du conseil n’est qu’une formalité, dans la mesure où les Etats membres ont déjà donné leur accord à la proposition.
Les travaux de préparation se font dans le cadre du Coreper ainsi que dans les quelque 160 comités et groupes de travail du conseil des ministres. Pendant une présidence, ce sont environ 3 000 réunions qui ont lieu dans ces groupes. La présidence dirige également les travaux dans ces groupes.
Une mission importante de la présidence consiste à faire émerger des propositions de compromis et à jouer un rôle de médiateur entre les différents Etats membres. Contrairement aux autres pays, le pays président ne doit pas argumenter en premier lieu en faveur de sa position, mais s’efforcer de faire converger les points de vue des autres pays, de manière à parvenir à une décision.
Il est de la responsabilité de la présidence de gérer les contacts du conseil des ministres avec les autres institutions de l’UE. Cela signifie que la présidence représente les autres Etats membres au Parlement européen, à la Commission et dans les autres institutions.
Au début de sa présidence, le pays président présente son programme de travail au Parlement européen, au Comité économique et social ainsi qu’au Comité des régions.
Le pays président gère en outre les négociations avec le Parlement européen lorsqu’une nouvelle législation doit être adoptée. Les ministres du pays président participent également aux heures des questions du Parlement.
La présidence collabore avec la Commission pour certaines questions. Cela s’applique notamment aux négociations relatives à des accords internationaux de commerce.
La présidence est responsable de la cohérence de la politique étrangère et représente l’UE lors de réunions avec des pays extérieurs à l’UE ainsi qu’au sein des organisations internationales. Dans ce cadre, la présidence bénéficie de l’aide du secrétaire général du Conseil, Javier Solana.