La tarea más importante del país que ejerce la presidencia es dirigir y organizar el trabajo en el Consejo de Ministros. Esta labor se basa en el programa anual de trabajo del Consejo de Ministros que se presenta en Enero de cada año. Además de esto el país que ejerce la presidencia también aporta sus propias prioridades. El presidente de la Unión Europea debe por lo demás estar preparado para actuar si surgen asuntos imprevistos o crisis internacionales.
El país que ejerce la presidencia está encargado de elaborar las agendas, convocar a las reuniones y proveer a todos los demás países con el material relevante. Todas las decisiones se toman formalmente en las reuniones del Consejo de Ministros pero gran parte del trabajo se realiza durante los preparativos para dichas reuniones. La resolución del Consejo de Ministros es en muchos casos una cuestión puramente formal porque la propuesta ya ha sido aprobada previamente por los Estados miembros.
La labor preparatoria se hace en el Comité de Representantes Permanentes (Coreper) y en los aproximadamente 160 comité y grupos de trabajo del Consejo de Ministros. Durante una presidencia suelen haber aproximadamente tres mil reuniones en estos grupos. El país que ejerce la presidencia también dirige el trabajo de estos grupos.
Otras de las labores importantes del presidente son elaborar propuestas de compromisos y mediar entre los demás Estados comunitarios. A diferencia de los demás países el que ejerce la presidencia no debe argumentar en primer lugar por sus propias ideas en un asunto sino tratar de adaptar las ideas de los demás países a fin de que se pueda llegar a una resolución.
Al país que ejerce la presidencia le corresponde ocuparse de los contactos del Consejo de Ministros con las demás instituciones de la Unión Europea. Esto implica que el país que ejerce la presidencia representa a los demás países miembros ante el Parlamento Europeo, ante la Comisión y ante las demás instituciones.
Al inicio de un período de presidencia, el país que la ejerce presenta su programa de trabajo al Parlamento Europeo, al Comité Económico y Social y al Comité de las Regiones.
El país que ejerce la presidencia también se hace cargo de las negociaciones con el Parlamento Europeo cuando se va a determinar una nueva legislación. Los ministros del país que ejerce la presidencia también participan de las sesiones de preguntas del Parlamento.
Aparte de esto el Presidente cooperar con la Comisión en ciertos asuntos. Puede por ejemplo ser cuando van a haber negociaciones sobre acuerdos comerciales internacionales.
La presidencia es responsable por la coordinación de la política exterior y representa a la Unión Europea en las reuniones con países que están fuera de la Unión Europea y también en las organizaciones internacionales. En esta labor la presidencia cuenta con la ayuda del Secretario General del Consejo Europeo, Javier Solana.