Den viktigaste uppgiften för ordförandelandet är att leda och organisera arbetet i ministerrådet. Till grund för detta ligger ministerrådets årliga arbetsprogram som tas fram i januari varje år. Därutöver tillför ordförandelandet sina egna prioriteringar. Ordföranden i EU måste dessutom vara beredd att agera om oväntade frågor eller internationella kriser uppstår.
Ordförandelandet ansvarar för att ta fram dagordningar, kalla till möten och förse alla andra länder med relevant material. Det är ministerrådsmötena som formellt fattar alla beslut men mycket av arbetet sker under förberedelserna inför dessa möten. I många fall är beslutet i ministerrådet en ren formsak eftersom medlemsländerna redan i förväg godtagit förslaget.
Det förberedande arbetet sker i Coreper och i ministerrådets cirka 160 kommittéer och arbetsgrupper. Under ett ordförandeskap hålls ungefär 3 000 möten i dessa grupper. Ordförandelandet leder arbetet även i dessa grupper.
En viktig uppgift för ordföranden är även att ta fram kompromissförslag och medla mellan de andra medlemsländerna. I motsats till de andra länderna ska ordföranden därför inte främst argumentera för sin egen uppfattning i en fråga utan försöka jämka samman de andra ländernas åsikter så att man kan nå fram till ett beslut.
Det är ordförandelandets uppgift att sköta ministerrådets kontakter med EU:s övriga institutioner. Detta innebär att ordförandelandet representerar de andra medlemsländerna gentemot Europaparlamentet, kommissionen och de andra institutionerna.
I början av sitt ordförandeskap presenterar ordförandelandet sitt arbetsprogram i Europaparlamentet, Ekonomiska och sociala kommittén samt Regionkommittén.
Ordförandelandet sköter även förhandlingar med Europarlamentet när ny lagstiftning ska beslutas. Ministrar från ordförandelandet deltar också i parlamentets frågestunder.
Ordföranden samarbetar dessutom med kommissionen i vissa frågor. Detta gäller exempelvis inför förhandlingar om internationella handelsavtal.
Ordförandeskapet ansvarar för den utrikespolitiska samordningen och företräder EU vid möten med länder utanför EU samt i internationella organisationer. Till sin hjälp i detta arbete har ordföranden rådets generalsekreterare Javier Solana.