Beroende på vilken fråga det gäller har EU en mängd olika sätt att fatta beslut. I de flesta fall måste ministerrådet komma överens med Europaparlamentet baserat på ett förslag från Europeiska kommissionen. Det gäller till exempel frågor om fri rörlighet mellan medlemsländerna, miljö, transporter, forskning, euron och tullsamarbete.
Förenklat fattar EU vanligen beslut på detta sätt:
1. Kommissionen lägger fram ett förslag.2. Europaparlamentet och ministerrådet behandlar förslaget.3. Ministerrådet fattar beslut, ibland tillsammans med Europaparlamentet.
Medbeslutandeförfarandet är det vanligaste sättet att fatta den här typen av beslut. Det innebär att både ministerrådet och parlamentet kan ändra i kommissionens förslag, och att båda institutionerna måste komma överens för att förslaget ska gå igenom. Det är detta förfarande som ger Europaparlamentet störst inflytande över beslutens innehåll. I andra fall har Europaparlamentet bara möjlighet att yttra sig över kommissionens förslag, utan att ministerrådet är skyldigt att följa vad parlamentet säger.
Inom samarbetet kring EU:s gemensamma utrikes- och säkerhetspolitik och kring polissamarbete och straffrätt har EU-länderna inte överlåtit beslutsmakt till EU. Besluten fattas huvudsakligen genom förhandlingar i ministerådet och liknar internationella överenskommelser. Europaparlamentet har litet eller inget inflytande.