Landets fortsatta närmande till dessa två organisationer är av stor vikt även för den regionala stabiliteten.
Vid Europeiska rådets möte i december 2005 gavs Makedonien kandidatlandsstatus, men förhandlingarna om EU-medlemskap har ännu inte kunnat inledas. Ytterligare reformer är nödvändiga för att Makedonien ska uppfylla kriterierna för förhandlingar om medlemskap i EU.
Deklarationen från NATO-toppmötet i Riga i slutet av 2006 nämnde landet som tänkbar kandidat. Under försvarsalliansens toppmöte i Bukarest i april 2008 nekades dock Makedonien medlemskap i NATO med hänvisning till den olösta namnfrågan med Grekland.