Efter Molotov-Ribbentroppakten kom Litauen 1940 under sovjetiskt styre. När tyskarna bröt pakten och anföll Sovjetunionen 1941 fick Litauen istället utstå tysk ockupation fram till 1944, då landet återigen ockuperades av Sovjetunionen.
1988 bildades den litauiska folkfronten, Sajudis, och den nationella frigörelsekampen tog fart samtidigt med motsvarande rörelser i övriga Baltikum. Den 11 mars 1990 förklarade sig Litauen självständigt. Moskva svarade först med en ekonomisk blockad som senare övergick till våldshandlingar. Den 13 januari 1991 stormade sovjetiska soldater TV-tornet i Vilnius, varvid fjorton personer dödades och flera hundra skadades. Våldet avbröts först efter skarpa protester från omvärlden.
Sverige bekräftade den litauiska statssuveräniteten den 27 augusti 1991 och var sedan det första landet i världen som öppnade en ambassad i Vilnius den 29 augusti samma år. 2004 blev Litauen medlem i både EU och NATO.