1998 drabbades Honduras hårt då orkanen Mitch drog in över Centralamerika. Åren därefter ökade Sveriges utvecklingssamarbete med Honduras avsevärt och ambassaden i Guatemala öppnade ett sektionskontor i Tegucigalpa för att bättre kunna administrera biståndet. Sedan år 2001 är Honduras ett av tre prioriterade länder i Centralamerika.
2001 var det svenska biståndet extraordinärt högt med 324 miljoner kronor, då cirka 150 miljoner användes till att återuppbygga infrastruktur som förstörts av orkanen Mitch. Återuppbyggandet inkluderade:
Brobyggande
En av de mest synliga konsekvenserna av orkanen Mitch var det förstörda vägnätet. De enorma regnmängderna som föll över Honduras ledde till att floderna svämmade över och drog med sig stora stenar och trädstammar. Trycket från vattenmängderna förstörde både broar och vägar, många av dem dåligt konstruerade.
Broar och vägar är viktiga både för långväga transporter och för småbonden som måste få ut sina varor på den lokala marknaden. Därför finansierade Sida återuppbyggandet av elva broar, främst i den norra delen av landet. Arbetet utfördes av de svenska företagen Skanska och Sweco. En av de viktigaste broar var Nacaome-bron som tillhör den panamerikanska landsvägen, den huvudväg som de flesta centralamerikanska transporter färdas längs. Man byggde också fyra broar i och i närheten av kuststaden La Ceiba. Under byggnadsfasen användes temporära Bailey-broar för att hjälpa till att återupprätta de lokala ekonomierna.
2006 invigdes en tolfte bro, bron Estocolmo (Stockholm) mellan systerstäderna Comayagüela och Tegucigalpa, vars syfte är att förbättra trafikflödet mot centrala Tegucigalpa.