Tortyr och misshandel, i synnerlighet i samband med anhållanden och häktningar är vanligt. Lagstiftningen åsidosätts eller tillämpas med politisk hänsyn. Det är vanligt förekommande att ordningsmakten för en kortare tid håller en person gripen utan möjlighet att kommunicera med omvärlden och utan att anhöriga informeras. De som av olika anledningar ifrågasätter regimen riskerar att stämplas som fiender och trakasseras, hotas, fängslas eller oskadliggöras på annat sätt.
Tillgången till information begränsas av regeringen. Tidningar stängs ofta ner under kortare eller längre perioder, och av överlevnadsskäl tvingas media även utöva en hög grad av självcensur. Hot och frihetsberövande av journalister förekommer. Informationsfriheten på internet begränsas genom blockering av ”omoraliska” och oppositionella webbsidor. Även internationella nätverkssidor såsom Facebook blockeras. Tv- satelliter är förbjudna och belagda med bötesstraff.. Rätten att ge ut en publikation är begränsad och utesluter bland annat personer som varit anhängare till Shahen.
Diskriminering mot personer av annan religiös eller etnisk minoritet, såsom till exempel araber, balucher, kurder och sufier förekommer. Religionsfrihet i västerländsk anda existerar inte utan omfattar endast tre religioner utöver Islam: Judendom, Kristendom och Zoroastrism. Frihets- och självständighetsrörelser bland balucher och kurder har sammandrabbat med ordningsmakten under ett flertal tillfällen. Bahaier utgör den största icke-muslimska religiösa minoriteten i Iran. Bahaierna är inte erkända som en religiös minoritet och utsätts för omfattande förtryck.
Kvinnor diskrimineras både socialt och rättsligt. Kvinnor diskrimineras av Sharialagarna bland annat inom arvsrätten och vid skilsmässa. En kvinnas vittnesmål anses vara hälften så mycket värt som en mans. Våld mot kvinnor fortsätter att vara vanligt förekommande. Kvinnorättsaktivister har hotats och trakasserats vid upprepade tillfällen. Speciellt utsatta har aktivister från ”The Campaign for Equality”, även känd som ”One Million Signatures Campaign” varit.
Iran har för närvarande 8 kvinnliga parlamentariker. Marzieh Vahid Dastjerdi utsågs i augusti 2009 till hälsominister. Hon är den första kvinnliga ministern i Iran efter revolutionen.
Utomäktenskapliga förbindelser är ett brott mot Gud och islams värderingar och är följaktligen förbjudet. Stränga muslimska klädkoder och umgängesseder tillämpas. Vad gäller kvinnor måste obligatorisk huvudslöja och kappa användas på offentliga platser.
En positiv utveckling är den stora andelen kvinnliga högutbildade. Andelen kvinnliga universitetsstuderande utgör för närvarande ca 60 procent. Andelen kvinnor i arbetskraften är dock förhållandevis låg relativt utbildningsnivån.
Hårda bestraffningar för ”Houdoud” förekommer. Dessa brott anses bryta mot Guds lag, som varken lagstiftaren domaren eller menas kunna ändra på. Houdoud innefattar bland annat mord och sexuella förbrytelser, såsom otrohet och våldtäkt, men även av (en muslim) konverterande till annan religion, apostasi. Dessa brott bestraffas antingen med stränga spöstraff eller med dödsstraff. Antalet verkställda dödsstraff under Houdoud är lågt, då beviskraven är mycket höga.
Dödsstraff kan bland annat utdömas för mord, väpnat rån, våldtäkt, hädelse, sexuella brott (inklusive homosexuella förbindelser) och allvarliga narkotikabrott, liksom för brott mot den nationella säkerheten, förräderi och andra högmålsbrott. Anhöriga till en mördad person har möjlighet att benåda den dödsdömde i utbyte mot blodspengar, diyeh, enligt Sharialagarnas vedergällningsrätt, quesas.
Sharialagarna godkänner stympnings- eller amputationsstraff. Dessa sorters bestraffningar rapporteras ha minskat under senare år, men det finns indikationer på att verkställandet av handamputationer kan komma att öka. Spöstraff utdöms för ”Taziraat”, brott som inte nämns i Sharialagarna. Spöstraff utdöms inte sällan mot unga, och ofta även mot personer som anklagas för politiska brott eller hot mot den nationella säkerheten, samtidigt som de döms till dödsstraff eller fängelsestraff.
I Iran blir flickor straffmyndiga när de är nio år gamla och pojkar när de är 15 år gamla. Detta innebär att flickor mellan 9 och 18 år och pojkar mellan 15 och 18 år kan straffas som vuxna, samt att barnkonventionens (CRC) principer och villkor inte är gällande för barn i dessa åldrar. Avrättningar och rättegångar mot personer som var minderåriga vid tidpunkten när brottet begicks fortsätter förekomma. Sedan 1990 har Iran avrättat minst 45 personer för brott de begått när de var under 18 år.
President Mahmoud Ahmadinejad vann en mycket omstridd seger i presidentvalet i juni 2009. Anklagelser om valfusk framfördes och protester mot valresultatet yttrades i omfattande demonstrationer som möttes med hårda angrepp av ordningsmakten. Hundratusentals personer demonstrerade på Teherans gator direkt efter valet och oppositionen har vid upprepade tillfällen utnyttjat officiella högtider och minnesdagar till att demonstrera mot regimen. Regimen har i sin tur konsekvent vägrat utfärda tillstånd till oppositionella demonstrationer, och utdömt dem som ”olagliga”. Utländska journalister har förbjudits att rapportera från alla efterkommande demonstrationer som arrangerats utan tillstånd.
Den politiska oppositionen undermineras genom trakasserier och arresteringar, ofta åtföljda av höga borgenssummor och långa fängelsestraff. Massrättegångar har hållits mot demonstranter och politiska aktivister. Grundläggande internationella principer för en rättvis rättegång har inte efterlevts och de anklagade har i ett flertal fall nekats rätten till oberoende rättsliga biträden. Tortyr i fängelserna har rapporterats förekomma för att tvinga fram erkännanden. Flera tusen personer har frihetsberövats, dödsstraff har verkställs och ett betydande antal personer har dött av de skador de åsamkats antingen när de gripits eller suttit häktade.