Även om ett flertal sociala indikatorer förbättrats under senare år förblir Filippinerna ett av regionens fattigare länder. Även om ett flertal sociala indikatorer förbättrats under senare år förblir Filippinerna ett av regionens fattigare länder. Inget annat land i regionen har samma höga koncentration av förmögenhet som Filippinerna. 65 procent av landets tillgångar ägs av mindre än tio procent av befolkningen. En dryg tredjedel av landets befolkning lever under fattigdomsstrecket och över hälften angav i nyligen genomförd opinionsundersökning att de upplever sig själva som fattiga. I samma undersökning uppgav också 19% att de upplevt ofrivillig hunger under de senaste tolv månaderna. Medan fattigdomen fortfarande i huvudsak är koncentrerad till landsbygden ökar inflyttningen till städernas slumområden. Landet har en långtgående urbanisering med mer än hälften av befolkningen boende i städer. Enbart i huvudstaden Manila beräknas mer än 3 miljoner människor leva hopträngda i slumområden utan tillgång till rent vatten och under otillräckliga sanitära förhållanden. Landets miljöproblem är omfattande och utgör även på kort sikt ett allvarligt hot. Det är därför som miljösamarbetet har varit ett av huvudspåren i det svenska utvecklingssamarbetet.
Särskilt påtaglig är massfattigdomen på muslimska Mindanao med flera mindre ögrupper i landets södra och sydvästra delar. Som en följd av den förra regeringens beslut att med militära medel söka vinna överhanden i kraftmätningen mellan centralregeringen i Manila och den islamiska separatiströrelsen Moro Islamic Liberation Front (MILF) och dess mer extrema utbrytargrupper, tvingades 100.000-tals människor för kortare eller längre tid lämna sina hem för en högst osäker tillvaro i tillfälligt upprättade flyktingläger. Även om Arroyos fredspolitik gentemot separatiströrelserna medfört att de flesta internflyktingar kunnat återvända, innebär terroristgruppens Abu Sayyafs återkommande attacker i kombination med uppflammande strider mellan separatister och militär/polis fortsatta övergrepp och våld mot civilbefolkningen på Mindanao. Det senare gäller också den våldsspiral som följer på den väpnade kamp som proklamerats av det filippinska kommunistpartiets väpnade gren, New People's Army. Den filippinska försvarsmakten har under den senaste tiden och med amerikanskt stöd haft vissa framgångar i kampen mot terroristorganisa-tionen Abu Sayyaf, vars ledare Khaddafy Janjalani dödades i en strid med den filippinska armén på ön Sulu i början av 2007.