Khama förde en pragmatisk politik, som syftade till att befästa landets demokrati. I egenskap av så kallad front Line State spelade Botswana en viktig roll i kampen mot apartheidregimen i Sydafrika.
Vid Khamas död 1980 efterträddes han av vicepresidenten Ketumile Masire. President Ketumile Masire avgick på eget initiativ mars 1998. Den dåvarande vicepresidenten Festus Mogae tog då över presidentämbetet. Från att ha varit ett av världens fattigaste länder vid självständigheten, räknas Botswana numera som ett medelinkomstland främst genom sina diamantfyndigheter. Dessa upptäcktes 1967 och svarar idag för omkring 80 % av landets exportintäkter. Betydande satsningar har gjorts på undervisning, hälsovård, vattenförsörjning och infrastruktur, men fortfarande lever stora grupper i fattigdom, i synnerhet i de nordvästra delarna av landet. Landet är mycket hårt drabbat av hiv/aids.
Enligt författningen från 1966 är Botswana en republik som styrs av en president som är ansvarig inför parlamentet. Landet har sedan självständigheten styrts med demokratiskt styrelsesätt med fristående domstolsväsende. Två oppositionspartier – Botswana National Front (BNF) och Botswana Congress Party (BCP) – är representerade i parlamentet.