Över hälften av Paraguays handel bedrivs med övriga medlemmar i Mercosur (Argentina, Brasilien och Uruguay). Paraguay har under senare år beklagat sig över de större medlemsländernas desavouerande av Paraguays behov och önskemål. En regional utvecklingsfond skapades 2005 som skulle särskilt gynna Paraguay, men missnöjet tycks inte ha bedarrat nämnvärt. Brasilien och Argentina har ofta framfört oro över den stora illegala handeln som anses utgå från Paraguay. Cirka hälften av all paraguayansk import tros reexporteras illegalt till Argentina och Brasilien. Paraguays (lagliga) export 2007 förutspås ha uppgått till 6,9 miljarder USD, varav nästan 40 procent utgjordes av sojabönor. Importen beräknas ha motsvarat 7 miljarder USD och bestod framför allt av konsumtionsvaror, bränsle och kapitalvaror.
Handeln mellan Sverige och Paraguay är begränsad. Svensk export till Paraguay uppgick 2007 till 134,6 miljoner SEK (en ökning med 80 procent jämfört med samma period 2006) och bestod till största delen av telekommunikationsutrustning och traditionella svenska verkstadsprodukter. Sveriges import från Paraguay motsvarade samma period ca 4,4 miljoner SEK (en minskning med 39 procent jämfört med 2006). Den värdemässigt största importposten utgjordes av verkstadsprodukter.