President Voronins nya europapolitik har till viss del skyddat honom mot oppositionens kritik. Regeringens långsiktiga mål uppges vara en anslutning till EU. En treårig handlingsplan antogs i mars 2005 av EU (The Moldova Action Plan), med fokus på stärkande av rättsväsende och demokrati. EU har upprättat en gränsövervakningsmission, Border Assistance Mission, EU-BAM, längs gränsen mellan Moldavien/Transnistrien och Ukraina.
Sedan Rumäniens EU-inträde den 1 januari 2007 har relationerna mellan Moldavien och Rumänien försämrats. Viseringsfrågorna har hamnat mer i fokus eftersom det rumänska EU-inträdet gjort att det blivit svårare för moldaviska medborgare att besöka grannlandet och ansöka om visum till övriga EU-länder (flera europeiska länder saknar representation i Chisinau och visum måste sökas i Bukarest).
En diplomatisk konflikt mellan de två länderna utbröt kring viseringsproblematiken och rumänska uttalanden om beredvillighet om att utfärda rumänskt medborgarskap i större utsträckning än tidigare till moldaviska medborgare. Detta har lett till starka reaktioner i Chisinau där man befarar att detta i realiteten är ett uttryck för rumänska strävanden om återgång till mellankrigstidens Storrumänien.
Sedan 2006 har Ryssland infört sanktioner mot import från Moldavien och har även höjt priset på energileveranser dit.
Moldavien är medlem i Oberoende Staters Samvälde, OSS och "GUAM". ”GUAM” som bildades 1998 är en regional samarbetsform bestående av Georgien, Ukraina, Azerbadzjan och Moldavien. Samarbetet gäller gränskontroller och informationsutbyte av olika slag. Moldavien upptogs i Europarådet 1995, och är även medlemmar av FN, OSSE och NATO:s Partnership for Peace (PfP).