Moldavien antog en ny konstitution 2004 som skall garantera särskild autonomistatus för Transnistrien (där majoriteten av befolkningen är rysk- ukrainsk). Någon lösning på Transnistrien-frågan har dock inte kunnat åstadkommas. Trots överenskommelser om militärt tillbakadragande som ingicks vid OSSE:s toppmöte i Istanbul 1999, finns ryska trupper fortfarande utplacerade i Transnistrien. Ett förslag till lösning av den frusna konflikten har framförts under 2000-talet. Inte minst till följd av Transnistrien-problematiken har Moldaviens förbindelser med Ryssland utsatts för påfrestningar.
Regeringen i Tiraspol anordnade en folkomröstning i september 2006. Denna resulterade i ett överväldigande ja till fortsatt självständighet för Transnistrien och stöd för tanken om ett närmande till den Ryska Federationen. Omvärlden har inte erkänt omröstningen och dess resultat.