Moldavien har mycket kvar att göra när det gäller mänskliga rättigheter. Situationen är särskilt svår i Transnistrien, där centralregeringens inflytande är minimalt. OSSE (Organisationen för säkerhet och samarbete i Europa) tar emot cirka 2000 anmälningar per år om kränkningar av mänskliga rättigheter i landet. Amnesty International har inrapporterat flera fall av övergrepp (tortyr i fängelser och godtyckliga frihetsberövanden uppges förkomma).
Moldavien är ursprungs- och transitland för människohandel av barn och kvinnor. Dessa utnyttjas för sexuella ändamål, för brottslig verksamhet eller för tvångsarbete. 2006 trädde en lag mot trafficking i kraft i Moldavien och en nationell handlingsplan för att bekämpa trafficking infördes. Parlamentet ratificerade 2005 FN:s konvention om gränsöverskridande organiserad brottslighet (om bl.a. människohandel). Moldavien undertecknade 2006 FN:s konvention mot tortyr. Samma år avskaffades dödsstraffet.