Bessarabien, det område som idag utgör Moldavien, har genom århundradena utgjort en genomfartsled mellan Asien och södra Europa. Flera krig och invasioner har förekommit där. Landet enades under Stefan cel Mare i slutet av 1400-talet men blev redan 1538 lydrike under det Osmanska väldet.
Kriget mellan Ryssland och Turkiet 1806-1812 slutade med att Ryssland annekterade Bessarabien, dvs. området mellan floderna Prut och Dnestr. Efter första världskriget skapades ett Storrumänien där det västra moldaviska området kom att ingå. Detta accepterades inte av Sovjetunionen som utropade en autonom moldavisk republik öster om Dnestr och en god bit in i Ukraina 1924. Som en följd av Molotov-Ribbentroppakten kunde Sovjetunionen ta Bessarabien från Rumänien i andra världskrigets inledningsskede. Rumänien allierade sig emellertid med Tyskland och hängde på Barbarossa-operationen, vilket ledde till att Bessarabien återtogs. Detta område införlivades emellertid med Sovjetunionen vid krigsslutet under namnet Moldaviska Socialistiska Sovjetrepubliken.
Vid Sovjetunionens upplösning bröt Mircea Snegur, som utsetts till president i sovjetrepubliken Moldavien i september 1990, med Sovjetunionen. I maj 1991 bytte folkförsamlingen "Högsta Sovjet" namn till ”Parlamentet för Republiken Moldavien” och landet förklarade sig självständigt från Sovjetunionen. 1990 hade dock Transnistrien, det smala området mellan floden Dnestr och den ukrainska gränsen, brutit sig ur Moldavien och utropat sig till en ”Transnistrisk Moldavisk Republik”. Under våren 1992 eskalerade konflikten mellan Moldavien och Transnistrien. Våldsamma strider utbröt. En rysk f.d. armekår, som fortfarande är förlagd i Transnistrien, ingrep till stöd för den transnistriska regimen. Senare samma år beslutade Moldavien och Transnistrien om eldupphör. 1993 etablerades en OSSE-mission i Moldavien och senare även i Transnistrien.
I södra Moldavien strävade gagauzer (en kristen turkisk minoritet) efter oberoende och erhöll viss lokal autonomi 1995.