De väl genomförda parlaments- och presidentvalen 2004 , president Yudhoyonos reforminriktade och mer utåtriktade ledarskap, och fredsuppgörelsen i Aceh kan ses som huvudförklaringarna till Indonesiens förbättrade internationella anseende de senaste åren. Det har också givit Indonesien ett nytt självförtroende som börjat sätta sin prägel på landets utrikespolitiska agerande. President Yudhoyono och hans regering tog vidare å Indonesiens vägnar den 15 juli 2008 kollektivt ansvar för de grova brott mot mänskliga rättigheter som begicks i Östtimor 1999, i samband med att den bilaterala sanningskommissionen mellan Indonesien och Östtimor presenterade sin rapport. Därmed löstes den sista knuten i det en gång ansträngda förhållandet med det internationella samfundet.
Med USA har den indonesiska regeringen dag goda relationer. Trots Indonesiens ofta mycket kritiska hållning till den amerikanska politiken i Mellanöstern och vad man anser vara USA:s endimensionella kamp mot internationell terrorism, är man mycket mån om att utgöra en brobyggare till väst i allmänhet och USA i synnerhet. USA har även ett strategiskt intresse av ett nära förhållande till Indonesien. I synnerhet stöder man den indonesiska regeringens intensifierade kamp mot terrorismen. I november 2005 hävde USA det embargo på militärt samarbete med Indonesien som stegvist hade införts i samband den indonesiska krigsmaktens inblandning i Östtimor. I november 2006 stärktes relationerna ytterligare i och med att president George Bush besökte president Yudhoyono i Jakarta.
Relationerna till Singapore har inte alltid varit de bästa, men med Singapores nuvarande regering har Yudhoyono vinnlagt sig om att etablera nära och förtroliga relationer. Ett investeringsskyddsavtal samt ett utlämningsavtal mellan Indonesien och Singapore har undertecknats under 2005 respektive 2007. Goda relationer till Singapore är av central betydelse för Indonesiens ambitioner att söka locka till sig utländska investeringar.
Med det muslimska Malaysia, har Indonesiens förbindelser varit långt ifrån problemfria, bland annat på grund av förekomsten och hanteringen av det stora antalet illegala indonesiska migrantarbetare som befinner sig i Malaysia.
Under ledning av Yudhoyono har den indonesiska regeringen ansträngt sig för att stärka relationerna till Kina. Kina har ett stort behov av indonesiska råvaror och Indonesien har därför ett intresse av att stärka de ekonomiska banden till Kina. Under större delen av Soehartos styre hade Indonesien frostiga relationer med Kina. Vid de våldsamma upploppen 1998 skedde allvarliga övergrepp mot delar av landets kinesiska minoritet, delvis som en reaktion mot dess mycket starka ekonomiska inflytande i landet. Idag är situationen radikalt förändrad och under oktober 2006 undertecknade president Yudhoyono och den kinesiska premiärministern Wen Jiabao ett bilateralt handelsavtal som skall tredubbla handeln mellan Indonesien och Kina till 30 miljarder USD 2010.
Yudhoyono-regeringen har även ett stort intresse av att stärka banden till Japan som redan har mycket omfattande investeringar i den indonesiska tillverkningsindustrin, men också en omfattande import av energi och andra råvaror från Indonesien. Nära 70 procent av Indonesiens energiexport går till Japan vilket representerar ca 30 procent av Japans totala energiimport.
Även Indonesiens förhållande till Australien har drastiskt förändrats. Efter att Australiens väpnade styrkor sänts till Östtimor under FN:s befäl för att återställa ordningen i landet, var bitterheten stor i Indonesien. Efter den förödande terroristattacken på Bali 12 oktober 2002 då över 200 människor dödades, många av dem australiensare, kom Australien dock till Indonesiens omedelbara hjälp. Därmed öppnades dörren för ett mycket långtgående antiterroristsamarbete och nära relationer länderna emellan, och det var med australisk hjälp som en av Indonesiens två mest eftersökta terrorister lyckades skadliggöras i november 2005.