Indonesien har idag hämtat sig från den ekonomiska krisen. Tillväxten under 2007 uppgick till 6,3 procent, vilket är den högsta sedan krisen. Investeringar och export spelar en allt större roll i tillväxtökningen. De sociala sektorerna i samhället (utbildning och hälsovård), liksom landets infrastrukturer är dock fortfarande eftersatta. Kvarvarande allvarliga problem är arbetslösheten som ligger runt 9 procent och antalet undersysselsatta som utgör närmare 40 procent av den arbetsföra befolkningen. Vidare har korruptionen, de grundläggande bristerna och oförutsägbarheten i det indonesiska rättsväsendet liksom de senaste årens terroristattacker riktade mot västerlänningar (Bali oktober 2002 och 2005, Marriott Hotel i Jakarta 2003 och Australiens ambassad i Jakarta 2004) bidragit till att försena välbehövliga utländska investeringar.
Under hösten 2005 genomgick den indonesiska ekonomin en period av tillfällig instabilitet orsakad av det då mycket kraftigt stigande oljepriset. Indonesien är sedan några år tillbaka nettoimportör av olja, men har sedan Soeharto-tiden haft kvar omfattande bränslesubventioner. Kombinationen av den snabba ökningen av oljepriset och de kvarvarande subventionerna orsakade under slutet av sommaren 2005 ett hastigt värdefall för den indonesiska valutan. Regeringen genomförde 2005 två omfattande sänkningar av bränslesubventionerna vilka ledde till en avsevärd om än temporär stegring av inflationen. Efter dessa åtgärder och en regeringsombildning i december 2005 har marknadens förtroende för regeringens förmåga att föra en kraftfull ekonomisk politik återställts. Inflationen minskade avsevärt och uppgick till 6,4 under 2007.
Den indonesiska regeringen annonserade 23 maj 2008 att priset på subventionerat bränsle höjs med i genomsnitt 28,7 procent. Efter prishöjningen är bränslepriset i Indonesien emellertid fortfarande bland det lägsta i Asien. Subventioneringen blev alltmer ohållbar med det stigande oljepriset och prisökningen var oundviklig för att förhindra ännu större effekter på ekonomin framöver. Huvudproblemet med bränslesubventioneringarna är att de urholkar regeringens statsfinanser och tränger under andra nödvändiga utgifter inom infrastruktur och sociala sektorer. Bränsleprishöjningen är en stor inrikespolitisk fråga och demonstrationer har ägt rum runt om i landet. Bränsleprisökningen kommer samtidigt som många fattiga påverkas av stigande livsmedelspriser. Priset på matlagningsolja har nästan fördubblats sedan 2007 och priset på stapelvaror, bl. a. ris och sojabönor, har stigit kraftigt. Parallellt med prishöjningen genomför regeringen ett program med direkta bidrag till de fattigaste vilket har bidragit till att dämpa protesterna. Motsvarande 1,5 miljarder USD kommer att distribueras till omkring 19,1 miljoner fattiga familjer. bränsleprisökningen kommer att få tydliga effekter på inflationen. Centralbankens inflationsmål på 6,5 procent för 2008 kommer sannolikt att bli svårt att nå. Istället talar många om tvåsiffriga inflationssiffror 2008. Styrräntan höjdes i början av maj 2008 med 0,25 procentenheter till 8,25 procent, vilket är den första höjningen på två år. Den högre inflationen kommer att få dämpade effekter på tillväxten. Regeringen är dock optimistisk och kalkylerar med en tillväxt runt 6 procent i år.