En av presidentens svåraste politiska prövningar under året har varit förslaget om ett upphävande av amnestilagen för brott begångna under militärdiktaturen, en fråga som drivits av mindre fraktioner inom FA. Lagförslaget röstades med knapp marginal igenom i senaten, men nådde inte majoritet i deputeradekammaren efter att en ledamot i regeringskoalitionen gått emot den officiella linjen och röstat med oppositionen mot ett upphävande. Förslaget om att slopa amnestilagen har ökat konfrontationen mellan regering och opposition, och har också skapat splittring inom regeringskoalitionen. Förslaget att upphäva lagen har framförallt kritiserats för att negligera majoriteten av befolkningen som vid två folkomröstningar (1989 och 2009) röstat för att behålla lagen.
En ytterligare utmaning för regeringskoalitionen och president Mujica har varit lagförslaget om privat-offentligt partnerskap (Participación Pública Privada, PPP) inom infrastrukturprojekt. Kommunistpartiet (PCU) inom regeringskoalitionen motsatte sig inledningsvis förslaget och man har haft fackföreningsrörelsen med sig. Efter flera månader av diskussion har Kongressen nu emellertid antagit förslaget. Samtliga partier röstade till slut för lagen. Den nya lagen är en huvudingrediens i regeringens utvecklingsstrategi och dess ”Singapore-vision” om att göra Uruguay till regional inkörsport och finansiellt centrum. PPP innebär att regeringen kommer att kunna kontraktera, och delfinansiera, privata företag för satsningar inom olika infrastrukturprojekt såsom vägar, hamnar, flygplatser, järnvägar etc. Även sjukhus, skolor och fängelser ska kunna komma i fråga för parnerskap. En särskild myndighet kommer att utarbeta riktlinjer och ”best practices” för de nya projekten, liksom riktlinjer för kontroll och utvärdering.
Parallellt med diskussionen om privat-offentligt partnerskap har president Mujica aviserat att det kan komma att bli aktuellt med ändrade beskattningsregler för jordbruket. De nya reglerna skulle innebära en höjd beskattning för lantegendomar större än 2000 hektar och de ökade skatteintäkterna är föreslagna att öronmärkas till just infrastruktursatsningar. Genom en jordskatt skulle alltså ytterligare medel frigöras för regeringens utvecklingsstrategi.
De föreslagna beskattningsreglerna har emellertid kritiserats. Oppositionen, jordbrukssektorn, vice presidenten och hans parti, har hävdat att skatten skulle skapa osäkerhet bland investerare och därmed leda till ett sämre investeringsklimat. President Mujica har även kritiserats för att bryta mot tidigare löften om att inte ändra jordbrukets beskattningsregler. Och berörda ministrar lär inte ha varit helt i bilden innan förslaget presenterades. Skatteförslaget har emellertid nyligen skickats till Kongressen men det är oklart om det går igenom. Regeringskoalitionen har förvisso majoritet i Kongressens båda kamrar, men eftersom koalitionen är splittrad internt i frågan är det osäkert om det finns en majoritet för förslaget.
Den komplicerade inrikespolitiska situationen har lett till att president Mujica och regeringskoalitionen FA har tappat delar av sitt väljarstöd. Vid valet i slutet av 2009 fick president Mujica drygt 52 procent i en andra valomgång. När diskussionen om amnestilagen var som mest intensiv i början av året sjönk stödet till 39 procent. Under senare halvan av 2011 har emellertid stödet börjat öka igen och vid den senaste opinionsundersökningen i augusti fick presidenten 41 procent, vilket fortfarande är en hög siffra i regionen.
Att det finns ett delvis ökat missnöje med presidenten och regeringen beror inte enbart på de delvis kontroversiella sakfrågor som nämnts ovan utan också på att en stor andel av befolkningen anser att säkerhetssituationen har försämrats. Det är kanske inte helt klarlagt att säkerheten skulle ha blivit så mycket sämre i landet. Däremot blir kopplingen mellan drogmissbruk och kriminalitet allt starkare och det är en utveckling som av förklarliga skäl skapar oro i befolkningen. Säkerhetsläget har därmed blivit en mera central fråga och ett frekvent samtalsämne.