Presidenten är landets statschef och överbefälhavare. Denne utses i direktval för en period av fem år utan möjlighet till omval. Presidenten utser själv sin regering som har 18 medlemmar. Det senaste presidentvalet genomfördes den 20 april 2008. Landets nuvarande president, Fernando Lugo, tillträdde den 15 augusti 2008. Nästa presidentval äger rum 2013.
Den lagstiftande makten utgörs av kongressen, som består av senaten med 45 medlemmar (väljs med hela landet som en valkrets) samt deputeradekammaren med 80 ledamöter (varje provins/departement utgör en valkrets). Senaten och deputeradekammarens medlemmar väljs samtliga för fem år. Det senaste kongressvalet genomfördes den 20 april 2008 och nästa val äger rum 2013.
Den dömande maktens högsta instans är Högsta domstolen, vars nio ledamöter utnämns av presidenten och ska godkännas av kongressen. Presidentens utnämningar ska baseras på rekommendationer av ett rådsorgan, Consejo de la Magistratura, vars medlemmar väljs efter överenskommelse mellan presidenten och kongressen. Högsta domstolens medlemmar utser domarna i de lägre instanserna på rekommendation av nämnda rådsorgan.
Paraguays inrikespolitik har länge präglats av Partido Colorado (PC), vars maktinnehav sträckte sig från 1947 till 2008 (partiet lyckades behålla regeringsmakten även efter diktatorn Alfredo Stroessners fall 1989). PC har gynnats av tillgång till statsmaktens resurser och har byggt upp en imponerande organisation med närvaro i alla landsdelar och ett stort antal nominella medlemmar (cirka 1,7 miljoner). Under senare år har partiets popularitet minskat, men det har gynnats av valsystemet (presidenten väljs med enkel pluralitet i en enda valomgång) och oppositionens splittring. PC har under senare år upplevt långtgående inbördes fraktionsstrider, men grupperingarna samlades kring en gemensam kandidat inför presidentvalen. En av fraktionsledarna, Nicanor Duarte Frutos, vann presidentvalet 2003 med cirka 37 procent av rösterna. Inför valen 2008 stödde inte samtliga fraktioner partiets kandidat, den tidigare utbildningsministern Blanca Ovelar, som endast fick cirka 32 procent av rösterna och kom tvåa. PC är emellertid fortfarande det största partiet i kongressens båda kamrar.
Fernando Lugo, tidigare biskop i katolska kyrkan, vann presidentvalet 2008 med 42 procent av rösterna som kandidat för den nybildade koalitionen Alianza Patriótica para el Cambio (APC). I koalitionen ingår Partido Liberal Radical Auténtico (PLRA - se nedan) och ytterligare 9 partier samt ett stort antal sociala organisationer. Koalitionens ideologiska spännvidd är stor och svårigheterna att hålla ihop den förutsätts bli stora. Lugos främsta budskap var att den demokratiska transitionen skulle förbli ofullständig så länge PC behöll makten. Hans förflutna utanför politiken verkar ha utgjort grunden för hans popularitet. Därmed har han kunnat kapitalisera på det allmänna missnöje som har omfattat det upplevt korrupta och reformobenägna PC. APC ställde inte upp med en kandidatlista till kongressvalen, varför koalitionen inte har några egna mandat. Men Lugo ska kunna räkna med stöd exempelvis bland PLRA:s kongressledamöter.
PLRA var under flera decennier det största oppositionspartiet. Partiet har traditionellt inriktat sig på att locka över missnöjda PC-väljare och vissa PC-fraktioner, men har inte varit särdeles framgångsrikt. I presidentvalet 2003 erhöll dåvarande PLRA-ledaren, Julio César Franco, 24 procent av rösterna. Inför presidentvalet 2008 allierade sig partiet med Fernando Lugo (se ovan), vars vice presidentkandidat var en av PLRA:s ledare Federico Franco. På grund av dess många kongressmandat tros partiet bli inflytelserikt under Lugos presidentperiod.
Unión Nacional de Ciudadanos Èticos (UNACE) är uppbyggt kring general Lino Oviedo, som 2002-2007 satt fängslad för ett misslyckat kuppförsök 1996. Oviedo var tidigare arméchef och en av PC:s ledande gestalter. Han fick 22 procent i valet 2008 och tros ha tilltalat många traditionella PC-väljare samt mindre bemedlade paraguayaner. UNACE vann åtskilliga kongressmandat och förväntas därmed kunna åtnjuta visst inflytande över regeringens politik.
Partido Patria Querida (PPQ) grundades 2002 med korruptionsbekämpning som dess centrala budskap. PPQ blev snabbt ett av de största partierna. Dess ledare, Pedro Fadul, stöddes av 21 procent av väljarna i presidentvalet 2003. I huvudstaden Asunción är han ännu relativt populär, men partiets närvaro och stöd på landsbygden är svagt. Fadul erhöll endast 2,5 procent i presidentvalet 2008.
Partido del Movimiento al Socialismo (P-MAS) saknar parlamentarisk representation men har fått en viss roll i regeringen Lugo. Partiet grundades 2006 och har sitt ursprung i studentrörelsen. Dess ledare, Camilo Soares är också minister för den samordnande nationella katastrofmyndigheten.