Strax efter Kristi födelse ledde konkurrensen över Mekongdalen till flera krig. På 800-talet grundades Angkorriket och det som skulle bli Khmerernas högkultur. Vid denna tid omfattade riket förutom Kambodja också delar av Vietnam, Laos och Thailand. I slutet av 1200-talet började riket att förfalla och på 1400-talet plundrades flera stora städer av thailändska erövrare och Angkorriket föll. Fram till mitten av 1800-talet tvingades landet att allt mer underordna sig sina grannar. Kambodja vände sig till Frankrike och lyckades 1863 få till ett avtal om beskydd i utbyte mot att landet omvandlades till en koloni.
I samband med den japanska ockupationen under andra världskriget utvecklades en självständighetsrörelse i landet. 1945, när Japan var på väg att förlora kriget, utropades ett självständigt Kambodja. Fransmännen återvände dock efter några månader och använde sedan landet som bas för sitt krig mot den vietnamesiska befrielserörelsen. Efter förhandlingar med Frankrike fick Kambodja slutligen sin självständighet i november 1953, samma år som nuvarande kung Sihamonis far, Norodom Sihanouk, tillträtt som statschef.
Sihanouk drev en aktiv utrikespolitik i syfte att skydda Kambodja mot det amerikanska inflytandet i södra Vietnam och etablerade bl.a. nära kontakter med folkrepubliken Kina. För att driva ut kommunistgrupperna ur Kambodja började USA 1969 att bomba landet. Året därpå genomförde premiärminister Lon Nol, med USA:s stöd, en statskupp och införde republik. Inbördeskrig utbröt. Sihanouk lierade sig (genom sin egen befrielserörelse de ”blå khmererna”) med de Röda Khmererna, en gerillagrupp med rötter i en kommuniströrelse bildad i slutet av 1950-talet av en grupp studenter, bland dem den framtida ledaren Pol Pot. Sedan USA 1973 slutit fred med Nordvietnam vände de sin offensiv mot de Röda khmererna i ett utökat bombkrig, förödande för civilbefolkningen. Trots det amerikanska stödet förlorade premiärminister Lon Nol kriget och i april 1975 marscherade de Röda Khmererna in i Phnom Penh. Därmed hade en av vår tids mest brutala terrorregimer etablerats.
Röda Khmererna ville införa ett nytt jordbrukssamhälle. Tre miljoner människor fördrevs från städerna och hundratusentals bönder tvångsförflyttades inom landet i syfte att kollektivisera jordbruket. Tjänstemän och militärer som representerade det gamla samhället pekades ut som fiender och avrättades. Andra grupper som tidigt stämplades var de med vietnamesiskt ursprung, liksom den muslimska minoriteten, Cham. Studenter, lärare, läkare, ingenjörer och andra personer med högre utbildning drabbades också hårt. Under de knappa tre år och nio månader som detta ohyggliga experiment pågick minskade Kambodjas befolkning (ca 7 miljoner) med mer än en fjärdedel genom avrättningar, svält och sjukdomar. Den exakta siffran över antalet offer kommer aldrig att kunna fastställas men de flesta seriösa bedömare gör uppskattningen att omkring 2 miljoner människor dog.
I slutet av 1978 gick Vietnam in i Kambodja och drev ut Pol Pot från Phnom Penh och de större orterna, men väpnat motstånd av Röda Khmergrupper pågick ända in till mitten av 1990-talet. Folkrepubliken Kampuchea utropades och organiserades efter vietnamesisk socialistisk modell. Regeringen erkändes inte av FN, där Kambodja representerades av en allians mellan rojalister och Röda Khmerer. I slutet av 1980-talet lämnade de vietnamesiska trupperna landet. År 1991 undertecknades ett fredsavtal av fyra politiska fraktioner. Avtalet öppnade för en massiv FN-operation (”UNTAC”) för att säkerställa vapenstillestånd, avväpning samt genomförande av demokratiska val. Efter valen 1993 bildades en koalitionsregering, landet fick en konstitution och Sihanouk återinsattes som kung. Efter det påföljande valet i juni 1998 har det politiska läget i Kambodja stegvis stabiliserats och premiärminister Hun Sen har konsoliderat sin position som landets politiska ledare.
Pol Pot avled i början av 1998. Med honom dog också möjligheten att ställa den för folkmordet högste ansvarige inför rätta.