Efter mordet på f.d. premiärminister Rafiq Hariri februari 2005 tvingades Syrien att dra tillbaka sin militära närvaro. Parlamentsval hölls i maj 2005 och en regering med alla större politiska grupperingar representerade bildades. Fler politiska mord inträffade 2005. Sommaren 2006 utbröt konflikten Hizbollah – Israel. Under kriget förstördes stora delar av Libanons infrastruktur. Södra Libanon lamslogs ekonomiskt. FN-styrkan UNIFIL i södra Libanon, vid gränsen mot Israel, utökades med flera tusen man.
Den hätska politiska debatten, framför allt om en förestående tribunal med uppgift att döma skyldiga till mordet på Hariri, ledde bl.a. till att alla fem shiamuslimska ministrar och en till president Lahoud allierad minister avgick i november 2006. Libanon delades in i två politiska block, den sittande regeringen bestående av den s.k. 14-mars rörelsen, som är en sammanslutning av sunnimuslimer, druser och kristna, och oppositionen, även kallad 8-mars rörelsen, som är en sammanslutning av kristna, shiitiska Amal och Hizbollah. Oppositionen anser den sittande regeringen vara illegitim och kräver en samlingsregering med fler ministerposter än vad de tilldelades efter valet 2005.
President Emile Lahouds mandat löpte ut senhösten 2007. Man kunde inte enas om en presidentkandidat och ingetdera block hade tillräckligt antal ledamöter för att ensamt kunna välja president, vilket enligt de flesta bedömare krävde närvaro av 2/3 av parlamentets ledamöter. Regeringsblocket, som åtnjuter absolut majoritet, har tidvis hotat med att välja president på egen hand. Trots upphetsad retorik samlades parlamentet aldrig till omröstning, och med Lahouds planenliga avgång finns sedan 23/11 2007 ingen president i Libanon. Den instabila politiska situationen har varit internationellt uppmärksammad.
Frågor som är föremål för kontinuerlig debatt i Libanon är bl.a. följande:- Internationella tribunalen. FN: säkerhetsråd antog 2005 resolution 1595 vilken föreskrev upprättandet av en undersökningskommission för att assistera libanesiska myndigheter kring omständigheterna i mordet på Hariri. Två år senare antogs i säkerhetsrådet resolution 1757 vilken under kapitel VII i FN-stadgan föreskrev etablerandet av en internationell tribunal för att åtala misstänkta i mordet på Hariri samt i andra politiska mord som har inträffat sedan dess. Tribunalen, med säte i Nederländerna, är satt att börja verka under 2008.
- Avväpningen av miliser. FN:s säkerhetsråd antog 2004 resolution 1559 som bl.a. uppmanar till avväpning av alla miliser i Libanon, syftande främst på Hizbollah. Avväpning av Hizbollah är en känslig fråga som tog ny fart efter kriget sommaren 2006 som uppges ha utlösts efter en väpnad aktion av Hizbollah på israeliskt territorium som resulterade i dödade och tillfångatagna israeliska soldater. - Landets vallag. En grogrund till motsättningar mellan olika grupperingar är deras representation i landets parlament. Vallagen ligger till grund för landets indelning i valdistrikt av varierande storlek och med det även till respektive religiöst samfunds möjlighet att välja kandidater. Parlamentets 128 ledamöter består, enligt konstitutionen, till hälften muslimer och till hälften kristna. Väljarkåren, däremot, är dynamisk och därmed blir indelningen i distrikt av intresse. Inför nästa parlamentsval 2009 är en ny vallag, då den nuvarande från 2000 inte anses vara rättvis, en fråga som drar till sig stor uppmärksamhet. I Libanon finns även närmre 400 000 icke-röstberättigade palestinier. Många palestinier flydde i samband med att staten Israel bildades 1948. De har sedan dess aldrig integrerats i landet och merparten bor i 12 flyktingläger runtom i landet. Palestiniernas närvaro har haft en betydande politisk inverkan, bl.a. med Kairo överenskommelsen från 1969 mellan PLO och Libanon som lade grunden för palestinska operationer från södra Libanon in på israeliskt territorium vilket under inbördeskrigets Libanon ledde till den israeliska invasionen 1978. Negligeringen av palestiniernas rättigheter, med dålig levnadsstandard som följd, anses ha medfört en grogrund för diverse fundamentalistiska grupperingar, oftast sunnimuslimska då den stora majoriteten palestinier är sunnimuslimer. Sommaren 2007 utkämpades en bitter strid mellan den fundamentalistiska gruppen Fatah al-Islam och Libanons armé i det palestinska flyktinglägret Nahr El Bared i norra Libanon. Lägret totalförstördes i samband med stridigheterna. Den politiska relationen till EU har fördjupats genom associationsavtalet, vilken trädde i kraft april 2006. Associationsavtalet ersätter tidigare relaterade avtal och täcker politisk dialog och säkerhet, ekonomiska förbindelser samt sociala, kulturella och mänskliga rättigheter. Samarbetet inom dessa fält institutionaliseras genom ett associationsråd och en associationskommittée med representanter från båda sidor.