Eftersom presidentposten nu innehas av den populäre Xanana Gusmão har denne mer än bara symbolisk makt och anses vara den enande kraften i Östtimor. Gusmão valdes med överväldigande majoritet (80 procent) till landets första president i april 2002.
Den lagstiftande makten ligger hos parlamentet, som dock jämfört med regering och även president fortfarande anses svagt. Allmänna val skall enligt konstitutionen hållas vart fjärde år. Förberedelser pågår för närvarande för nästa parlamentsval som är planerat till våren 2007. I det nuvarande parlamentet kontrollerar Fretilin den enda kammaren med 55 av 87 mandat. Fretilin, som är Östtimors i särklass viktigaste politiska organisation, dominerar även regeringen. Tidigare tillhörde även Gusmão Fretilin, men i presidentvalet valde denne att ställa upp som oberoende kandidat för att undvika att Fretilins dominans skulle bli alltför omfattande.
Efter flera hundra år av ett kolonialstyre kännetecknat av försumlighet, 25 år av repressiv indonesisk ockupation och en katastrofal våldsvåg i samband med folkomröstningen 1999 står Östtimor inför stora utmaningar. Fattigdomen är utbredd och tillgången till hälsovård och utbildning begränsad för många medborgare. En kraftig befolkningsökning under de senaste åren har också resulterat i en växande grupp arbetslösa ungdomar i städerna vilket skapat en potentiell grogrund för social oro något som inte minst visat sig under oroligheterna våren 2006.
Mycket arbete återstår vidare för att upprätta ett oberoende, transparent och professionellt rättsväsende i landet. Det inhemska östtimorianska rättsväsendet är fortfarande mycket svagt och består till stor del av internationell personal. En viktig utestående fråga är kraven på en rättlig process för dem som planerade och utförde våldsamheterna i samband med folkomröstningen 1999. Vad gäller mindre allvarliga brott har framsteg gjorts tack vare den nationella östtimorianska Sannings- och försoningskommission som upprättades 2002. Kommissionen har under nästan fem års tid samlat in vittnesmål om kränkningar av de mänskliga rättigheterna begångna de senaste 25 åren samt arrangerat förlikningsöverenskommelser mellan förövare och offer. I oktober 2005 presenterades en 2000 sidor lång slutrapport med en redogörelse av MR-brotten och rekommendationer för vidare åtgärder för rättvisa och försoning. Kommissionen har dock inte haft mandat att behandla grövre brott. Dessa har istället handlagts av särskilda FN-stödda enheter inom åklagarmyndigheten (Serious Crimes Unit) och distriktsdomstolen i Dili. Enheterna avvecklades i maj 2005 innan alla rättsfall kunnat behandlas och det har sedan dessa varit oklart hur dessa processer skulle komma att avslutas.
En parallell process ägde också rum i en tillfälligt upprättad MR-domstol i Jakarta. Rättsprocessen i Jakarta har dock blivit starkt kritiserad av MR-organisationer såväl i Östtimor, Indonesien och utomlands. Straffen har generellt sett varit låga och ytterst få indoneser har blivit dömda. Kritikerna menar att de dömda är utsedda syndabockar och att de verkligt ansvariga, främst indoneser som fortfarande innehar höga poster inom den indonesiska militären, har gått fria. Bland annat har en av kandidaterna i Indonesiens senaste presidentval, general Wiranto, anklagats för att ha haft det övergripande ansvaret för våldsamheterna i Östtimor 1999, eftersom han vid den tiden var Indonesiens överbefälhavare. En häktningsorder för Wiranto utfärdades 2004 av distriktsdomstolen i Dili, men har aldrig verkställts och skickats till Interpol eftersom den östtimorianska regeringen varit emot en sådan åtgärd. President Gusmão och premiärminister Ramos Horta menar att det ligger i Östtimors nationella intresse att nu försonas med Indonesien och lämna det gamla bakom sig. I augusti 2005 inrättade länderna en bilateral Vänskapskommission med målsättningen att främja vänskap och försoning och att sammanställa en gemensam beskrivning av händelseförloppet 1999. Den bilaterala kommissionen har ifrågasatts av det internationella samfundet då den allmänt inte anses ha förutsättningar att leda till en prövning av de begångna MR-brotten som är förenlig med internationell rätt.
Efter långt övervägande presenterade FN:s generalsekreterare i augusti 2006 en rapport till säkerhetsrådet med FN:s syn på hur frågan rörande rättvisa och försoning i Östtimor vidare bör hanteras. I enlighet med rekommendationerna i denna rapport, återupprättades under den nya FN-missionen, UNMIT, en stödfunktion till åklagarmyndigheten i Östtimor med uppgift att slutföra utestående utredningar av allvarliga brott mot mänskliga rättigheter som begicks 1999. En särskild oberoende utredningskommission har också inrättats av FN för att utreda ett antal särskilt allvarliga incidenter som inträffat under aktuella krisen i landet, inklusive anklagelser mot tidigare premiärminister Alkatiri och f.d. inrikesminister Lobato att ha underblåst oroligheterna genom vapensmuggling och beväpning av civila milisgrupper.
En annan betydelsefull och segsliten utrikespolitisk fråga för Östtimor löstes i januari 2006 genom att ett avtal undertecknades med Australien angående fördelningen av inkomster från utvinningen av olja och gas i det resursrika Greater Sunrise-området längs ländernas gemensamma havsgräns. Den utvinning som hittills skett har reglerats genom ett tillfälligt avtal, Timor Sea Treaty, inom det mindre området, Bayu Undan-fälten. Det nya avtalet innebär en fördelning 50/50 mellan länderna av inkomsterna från olje- och gasutvinningen.