Ayatollah Khomeini innehade ställningen som den Högste Ledaren till sin död 1989. Posten har därefter innehafts av Ayatollah Khamenei. Den Högste Ledaren utses på livstid av en expertförsamling (Majlis-e- Khobregan), som har rätt att avsätta honom genom omröstning under särskilda förhållanden. Expertförsamlingen består av 86 framträdande religiöst lärda personer som väljs i allmänna val vart åttonde år. Kandidaterna granskas av regeringen och deras kompetens måste godkännas av väktarrådet.
Väktarrådet (Shura-ye-Negahban) fyller en lagrådsliknande funktion och har att tolka grundlagen liksom att granska att all lagstiftning, som antas av parlamentet, är förenlig med islamsk rätt. Väktarrådet granskar även kandidater inför val till parlamentet, presidentet och val till expertförsamlingen. Väktarrådet består av 12 personer, varav sex teologer som utses av den Högste Ledaren och sex jurister som utses av parlamentet på förslag av landets högste domare.
Parlamentet (Majlis-e-Shura-ye-Islam) består av 290 ledamöter. Val hålls vart fjärde år och samtliga iranska medborgare över 15 år har rösträtt. Talman i parlamentet är f.n. Ali Ardashir Larijani.
Presidenten väljs i mandatperioder om fyra år. Samma person kan vara president högst två mandatperioder i följd. Enligt konstitutionen måste en kandidat till posten vara mellan 35 och 75 år och muslim. Den nuvarande Högste Ledaren Khamenei var president under åtta år fram till 1989, varpå åtta år med Ali Akbar Hashemi Rafsanjani som president följde. Mohammad Khatami valdes till president. 1997, och den nuvarande presidenten Mahmoud Ahmadinejad valdes till president 2005, och omvaldes i presidentvalet den 12 juni 2009.
För att lösa tvister mellan parlamentet och väktarrådet finns ett särskilt "råd för fastställande av ändamålsenlighet", Expediency Council (Shura-e-Maslahat). Rådet, som inrättades 1988, utgörs av ett 30-tal ledamöter som utses av den Högste Ledaren. Rådet har under åren kommit att få ökad makt och i praktiken utvecklats till ett slags kabinett till den Högste Ledaren, med stort inflytande över riktlinjerna i iransk politik. Ordförande i rådet är f.n. den tidigare presidenten Rafsanjani, som även är ordförande i Expertförsamlingen.
Domstolsväsendet har flera parallella instanser. Högsta domstolen, (Quwa-ye Qazai), är den högsta dömande makten i landet och leds f.n. av Ayatollah Sadegh Larijani. Civil-, handels-, och straffrätt handläggs vid samma domstol. Det finns även en rad specialdomstolar, som handlägger bland annat pressfrågor. Revolutionsdomstolar handhar dömandet avseende politiska brott. Det finns även militärdomstolar, samt domstolar för det islamska prästerskapet.