Landets formellt högsta organ är det folkvalda presidentrådet. Detta råd består av tre personer; en från varje konstituerande folkgrupp varav den kroatiske och bosniakiske representanten väljs från FBiH och den serbiske representanten väljs från Republika Srpska. Ordförandeskapet roterar mellan de tre representanterna var åttonde månad och politiska beslut kan endast fattas med konsensus. Allmänna val hålls var fjärde år och de senaste var i oktober 2010. Nuvarande representanter i presidentrådet är Zeljko Komsic (kroat), Bakir Izetbegovic (bosniak) samt Nebojsa Radmanovic (serb). Det finns vidare en regering på statsnivå, en regering för vardera entiteterna samt president och parlament i de båda entiteterna. Härtill finns regering och folkförsamling i Federationens tio kantoner samt 141 kommuner. Graden av decentralisering inom den politiska strukturen är mycket omfattande, bland annat kan nämnas att det totalt finns 14 utbildningsministrar i landet. Detta system gör inte bara den politiska processen komplicerad utan är även väldigt kostsam att upprätthålla.
16 år efter undertecknandet av Daytonavtalet finns det inte längre omedelbara militära hot mot stabiliteten i landet. Dock finns andra potentiellt destabiliserande faktorer såsom organiserad brottslighet, utbredd korruption, motsättningar mellan landets olika befolkningsgrupper och hög arbetslöshet. Även om ingen egentlig försoningsprocess med folklig förankring har tagit fart så tycks direkt etnisk diskriminering avta. Samtidigt domineras politiken av partier som utnyttjar nationalistiska stämningar och få politiker låter landets generella utveckling gå före egna nationalistiska intressen, något som blockerar viktiga reformer. Ett av de allvarligare problemen i BiH är den svåra ekonomiska och sociala situationen. Enligt officiella siffror är 43 % av befolkningen arbetslös eller verksam i den omfattande informella arbetsmarknaden. Dessa människor saknar i allmänhet grundläggande social och ekonomisk trygghet.
Det internationella samfundet har sedan kriget haft stort inflytande i landet. Den Höge representanten (HR) tillika EUSR (European Union Special Representative) har bland annat mandat att stifta lagar och fatta beslut i de fall Daytonavtalet inte upprätthålls av de folkvalda politikerna. För närvarande innehas posten som HR/EUSR av den österrikiske diplomaten Valentin Inzko. Sedan en tid tillbaka pågår en diskussion om minska rollen för den Höge Representanten till förmån för ett större ansvarstagande av Bosnien och Hercegovinas egna politiker samt för en förstärkt närvaro av den Europeiska Unionen som finns representerat i landet genom en så kallad EU-delegation.
Relationen med EU Den mest aktuella frågan för BiH idag är landets närmande till EU och framtida medlemskap i unionen. BiH samarbetar sedan maj 1999, i likhet med de andra länderna på Västra Balkan, med EU genom den så kallade stabiliserings- och associeringsprocessen (SAp). SAp består bl.a. av förmånliga handelsrelationer och omfattande utvecklingssamarbete. Processen liknar till stor del det förmedlemskapsstöd som de tolv senast anslutna EU-medlemmarna fick före sitt medlemskap. Den 16 juni 2008 undertecknade EU och Bosnien- Hercegovina ett Stabiliserings- och associationsavtal (SAA). Avtalet kommer att träda ikraft när ratificeringsprocessen har avslutats i samtliga medlemsstater. SAA reglerar relationerna mellan EU och BiH och tjänar som stöd till BiH i arbetet att möta de s.k. Köpenhamnskriterierna, vilka innebär genomförandet av ekonomiska, politiska och institutionella reformer som är förenliga med EU:s normer.
Sverige håller en tydlig linje som förespråkar EU-utvidgning på Västra Balkan och därmed även ett medlemskap för BiH. Dock är vägen till medlemskap för BiH ännu lång. Nyligen fälldes landets konstitution i Europadomstolen då den strider mot Europakonventionen för mänskliga rättigheter. Konstitutionen anses vara diskriminerande och ett av kraven för att nå kandidatstatus är att man ändrar den del i lagstiftningen som endast möjliggör för dem som tillhör de konstituerande folkgrupperna att väljas till höga politiska poster såsom t.ex. president på stats- och entitetsnivå. Att revidera konstitutionen kräver dock två tredjedelars majoritet i parlamentet vilket under rådande politiska klimat är besvärligt att uppnå.
Det finns en stark närvaro av internationella aktörer i BiH. Från EU:s håll har bland annat EU-kommissionen en särskilt delegation i landet. Vidare finns en polismission (EUPM) samt en fredsstyrka (EUFOR) som består av ca 2000 personer. Även FN finns representerade i BiH och aktiva organ är UNDP, UNICEF, UNHCR samt UNIFEM. Dessutom har NATO en delegation i BiH som arbetar med landets närmande till det euroatlantiska samarbetet.