Landets formellt högsta organ är det kollektiva presidentrådet. Rådet kan endast fatta beslut med konsensus. Det finns vidare en regering på statsnivå (Council of Ministers), en regering för vardera entiteterna samt president och parlament i de båda entiteterna. Härtill finns regering och folkförsamling i Federationens tio kantoner samt 141 kommuner.
Nästan femton år efter Daytonavtalets undertecknande finns inte längre omedelbara militära hot mot stabiliteten i landet. Dock finns andra potentiellt destabiliserande faktorer, såsom organiserad brottslighet, utbredd korruption, motsättningar mellan landets olika befolkningsgrupper och hög arbetslöshet. Även om ingen egentlig försoningsprocess med folklig förankring har tagit fart, så tycks direkt et etnisk diskriminering avta. Samtidigt domineras politiken av partier som utnyttjar nationalistiska stämningar med något av de tre konstituerande folken som mottagare. Få partier och politiker låter landets generella utveckling gå före egna nationalistiska intressen. Därmed blockeras viktiga reformer.
Det kanske allvarligaste problemet i BiH är den svåra ekonomiska och sociala situationen. En stor del av befolkningen är arbetslös eller verksam i den omfattande informella arbetsmarknaden. Dessa människor saknar i allmänhet grundläggande social och ekonomisk trygghet. Landets konstitution skapades för att möjliggöra och upprätthålla fred. I det avseendet har konstitutionen fyllt sitt syfte, men nästan femton år senare när ekonomisk utveckling och EU-närmande står på dagordningen måste den förändras för att landet ska fungera bättre.
Det internationella samfundet har sedan kriget haft stort inflytande i landet. Den Höge representanten tillika EUSR (European Union Special Representative) har bland annat mandat att stifta lagar (utan att dessa först antas i landets egna parlament), samt avskeda politiker som anses agera emot Daytonavtalet (enligt de s.k. Bonn-powers). Nyligen meddelade den nuvarande Höge representanten Miroslav Lajcak att han tänker lämna posten och för närvarande inväntas valet av en ny representant. Rådet för fredsimplementering (PIC) har definierat villkor som måste uppfyllas innan den Höge representantens befattning kan avvecklas och den politiska makten helt överlämnas till de nationella politiska aktörerna.
Relationen med EU
Bland huvudfrågorna för BiH finnas landets närmande till EU. BiH samarbetar sedan maj 1999, i likhet med de andra länderna på Västra Balkan, med EU genom den så kallade stabiliserings- och associeringsprocessen (SAp). SAp består bl.a. av förmånliga handelsrelationer och omfattande utvecklingssamarbete. Processen liknar till stor del det förmedlemskapsstöd som de tolv senast anslutna EU-medlemmarna fick före sitt medlemskap. EU:s ministerråd beslutade den 21 november 2005, på dagen tio år efter fredsförhandlingarna i Dayton kunde avslutas, om att inleda förhandlingar om ett Stabiliserings- och associeringsavtal (SAA). Förhandlingarna inleddes i Sarajevo 25 januari 2006 och den bosniska förhandlingsdelegationen kunde slutföra den tekniska förhandlingen med EU-kommissionen vid årsskiftet 2006/2007. Under sommaren 2008 kunde en länge väntad polisreform genomföras vilket möjliggjorde för BiH att den 16 juni samma år skriva under SAA med EU. Ett syfte med avtalet är att hjälpa länderna på Västra Balkan att möta kraven för medlemskap i unionen. Detta innebär i bred bemärkelse att assistera landet i att kunna möta de s.k. Köpenhamnskriterierna vilka kort och koncist innebär genomförandet av ekonomiska, politiska och institutionella reformer som är förenliga med EU:s och dess medlemsländers normer.
Vägen till medlemskap i EU är ännu lång. Reformer som kräver såväl omfattande resurser som stark politisk vilja väntar. Hittills har en stor del av framstegen kommit till som ett resultat av starka internationella påtryckningar för att förmå bosniska politiker och förvaltning att leva upp till det internationella samfundets krav. Det problematiska med tillämpningen av reformer grundar sig ofta i att en av de tre konstituerande folkgrupperna upplever att dess intressen inte tillvaratagits.
EU har en stark närvaro i BiH. Förutom EUSR har EU-kommissionen en särskild delegation i BiH. Dessutom finns polismissionen EUPM och en EU-ledd fredsstyrka EUFOR om ca 2 100 personer. Sammanlagt 26 länder deltar med trupper till EUFOR. Spanien, Italien och Turkiet bidrar med mest personal.