De senaste fem åren har det svenska biståndet varierat mellan 30 och 60 MSEK/år, och under 2004 utbetalades 28 MSEK. Efter inbördeskrigets slut 1992 har fredsavtalet varit referenspunkt för det svenska utvecklingssamarbetet. Det svenska traditionella biståndet till El Salvador är inne i en utfasningsperiod och bl.a. KTS (kontraktsfinansierat tekniskt samarbete) - som främst syftar till att stärka institutioner genom kunskapsförmedling - ska fasas in samtidigt som samarbetet med svenska enskilda organisationer fortsätter. Tematiskt ska utvecklingssamarbetet koncentreras till insatser för en fördjupad demokrati med en stärkt rättsstat och ökad lokal demokrati som viktiga inslag. De återuppbyggnadsprojekt som fortgått sedan jordbävningarna 2001 avslutades under 2005.
El Salvador omfattas också av tre regionala kreditlinjer som Sida via Swedfund stödjer: CABEI (Centralamerikanska Banken för Ekonomisk Integration) som förföll i maj 2005, CAIF (Central American Investment Facility) och CFA (Corporación Financiera Ambiental). I övrigt finansierade Sverige åren 1997-2003 tillsammans med Norge Exportpyme – Centroamérica, ett framgångsrikt ITC-UNCTAD-WTO-program med syfte att stärka den exportfrämjande kapaciteten i regionens länder.