Sverige är representerat i Estland med ambassad i Tallinn och ambassadör sedan 2008 är Jan Palmstierna. Därutöver har Sverige honorärkonsulat i Narva och Tartu. Svenska Exportrådet finns representerat i Tallinn och Svenska Handelskammaren i Estland grundades 1991. Estland har ambassad i Stockholm samt honorärkonsulat i Göteborg, Eskilstuna, Visby, Malmö, Karlstad och Karlskrona. Ambassadör i Sverige sedan 2011 är Jaak Jõerüüt. Sverigeesternas och estlandssvenskarnas intresseorganisationer, med centrum i Estniska huset (Eesti Maja) på Wallingatan i Stockholm, finns dessutom. Huset rymmer bland annat Estnisk-Svenska Handelskammaren som etablerades 2008.
Besöksutbyten på hög nivå länderna emellan är täta och under 2011 besökte bl.a. statsminister Reinfeldt och utrikesminister Bildt Tallinn. President Toomas Hendrik Ilves gjorde ett statsbesök i Sverige i januari 2011. Utöver ministerbesök sker även regelbundet utskotts- och riksdagsdelegationsbesök.