1999 undertecknades ett tullsamarbetsavtal mellan EU och Hongkong. Detta innebar en formalisering av det redan existerande samarbetet, men visar också på Hongkongs autonomi i dessa frågor. EU har som mål att fördjupa samarbetet inom områden som utbildning, forskning och miljö.
Ett särskilt frihandelsavtal mellan Hongkong, Macau och Kina, Closer Economic Partnership Arrangement (CEPA) trädde i kraft den 1 januari 2004. Avtalet har stegvis utvidgats till att gälla samtliga varugrupper och liberalisering inom ett stort antal tjänstesektorer. En kontinuerlig dialog förs om ytterligare åtgärder för att stimulera ömsesidigt handelsutbyte och investeringar.