Den första kom från den indiska kontinenten i form av hinduiskt och buddistiskt socialt tänkande. Åtminstone vid mitten av 400-talet e. Kr fanns mindre statsbildningar i arkipelagen. De följande drygt tusen åren kännetecknades av försök att förena de många smårikena till större stater. Under handelsuppsvinget under 1300- och 1400-talen introducerades islam av arabiska köpmän längs sjövägarna i Indiska oceanen, i synnerhet längs Sumatras och Javas kuster.
De första européer som etablerade sig var portugiser som ville få monopol över kryddhandeln och göra Asien kristet. De intog Malacka 1511 men efterträddes kring år 1600 av holländarna då deras erövring av det som kom att bli Indonesien inleddes. Till en början skötte det holländska Ostindiska kompaniet förvaltningen av området, men 1799 övertogs ansvaret av den holländska staten. Efter att Aceh 1903 slutligen inlemmats i kolonialriket kontrollerade holländarna i princip hela det område som idag utgör Indonesien.
Under perioden 1942 till 1945 ockuperade Japan området och strax efter Japans kapitulation, utropades republiken Indonesien den 17 augusti 1945 av Soekarno, sedermera landets första president och Muhammad Hatta, blivande vicepresident. Republiken var en sekulär stat som skulle baseras på Soekarnos fem principer, de s.k. Pancasila. Dessa var tron på gud, nationalism, humanitet, demokrati, social rättvisa och välstånd. Beväpnad med Pancasila och det indonesiska språket (Bahasa Indonesia), som skapades från malajiska på 1930-talet, lyckades Soekarno för första gången ena den heterogena arkipelagen. Trots detta försökte Nederländerna återta kontrollen över Indonesien efter andra världskrigets slut, men efter indonesiskt motstånd och internationella påtryckningar kunde Indonesiens självständighet slutligen erkännas internationellt 1949.
President Soekarno regerade från 1945 till 1967 och under hans ledning kom den heterogena och mångkulturella övärlden att sammanfogas alltmer till en nation. Soekarnos nationalistiska politik medförde även en sekularisering av staten, trots islams dominans. Oaktat de inre motsättningar och oroligheter som kännetecknade den nybildade staten under början av 1950-talet och den differentierade maktstruktur som framkom genom de första fria valen 1955, kunde president Soekarno behålla sin personliga maktställning.
Soekarnos aktiva utrikespolitik innebar bl.a. att Indonesien annekterade Irian Jaya (numera Papua och västra Irian Jaya) 1962 och bojkottade den nybildade staten Malaysia 1963. Indonesiens ekonomiska problem och de inre oroligheterna i kombination med de utrikespolitiska ställningstagandena undergrävde Soekarnos position och resulterade i bristande politisk legitimitet, vilket 1965 ledde fram till ett misslyckat kuppförsök. Omständigheterna kring kuppen är fortfarande oklara, men i alla händelser fick kommunistpartiet PKI skulden. Armén under general Soeharto organiserade en motkupp och en klappjakt på PKI-medlemmar och misstänkta sympatisörer följde (många var indoneser med kinesisk bakgrund). Antalet dödade är ovisst, men den vanligaste uppskattningen talar om en halv miljon döda.
General Soeharto bibehöll sin ledande ställning. År 1967 övertog han presidentposten från Soekarno och kunde utan större politiskt motstånd regera fram till 1998. Denna regeringsperiod karaktäriseras till stor del av ett dualistiskt förhållningssätt där auktoritet inom politiken alternerades med ett betydande spelrum för ekonomiska marknadskrafter. Stora ekonomiska framgångar förbättrade levnadsvillkoren för många indoneser, men regimkritiker fängslades och censur av politik och press var ett påtagligt inslag. Den ekonomiska politik som fördes lade dock grunden för den ekonomi som 1997 skulle spricka. Indonesien drabbades hårdast av länderna i regionen av den sydostasiatiska krisen. Krisen innebar ett ekonomiskt sammanbrott och de tidigare årens ekonomiska framsteg reducerades drastiskt. De finansiella problemen drabbade såväl privatpersoner som stora ekonomiska aktörer. Krisen medförde även ett ökat misstroende för Soeharto. Efter att Soeharto i februari 1998 för sjunde gången valts till president följde våldsamma studentprotester där bl.a. dödsskjutningen av sex studenter resulterade i omfattande kravaller som kostade hundratals människor livet. Slutligen tvingades Soeharto i maj 1998 avgå som regeringschef, vid 76 års ålder.
Den efterträdare som utsågs, vicepresident Habibie, regerade fram till valet hösten 1999. Trots ihållande problem och oroligheter lyckades Habibies regering förbereda det första demokratiska valet på 40 år. Valet föregicks av en rad nya politiska lagar som gav utrymme för ett pluralistiskt system och ett stort antal nya partier bildades. 48 av dessa deltog i parlamentsvalet 1999. Trots många befarade våldsamheter fortlöpte valprocessen relativt lugnt. Valresultatet utpekade oppositionspartiet PDI-P som vinnare med ca 35 procent av rösterna. I oktober samma år valdes Abdurrahman Wahid av folkförsamlingen (MPR) till president och Megawati Soekarnoputri, dotter till tidigare president Soekarno, valdes till vicepresident. Efter att MPR avsatt Wahid för bl.a. korruptionsanklagelser valdes Megawati till president den 23 juli 2001.
En omfattande ändring under 2002 av konstitutionen från 1945 förde Indonesien avsevärt framåt i demokratiseringsprocessen. Ändringen innebar att fr.o.m. 2004 är samtliga ledamöter i parlamentet och presidenten och vice presidenten valda av folket. Tidigare hade representanter för polis och militär suttit i parlamentet i kraft av sitt ämbete.
De tre val som hölls under 2004 förankrade den demokratiska processen ytterligare. Susilo Bambang Yudhoyono vann presidentvalets andra och avgörande omgång den 20 september 2004 och med drygt 60 procent av rösterna blev han Indonesiens första direktvalda president. Yudhoyono kandiderade tillsammans med vicepresident Jusuf Kalla och de två besegrade dåvarande president Megawati och Hasyim Muzadi. Yudhoyono porträtteras som en reformvänlig akademiker och militär. Han tillträdde sin femåriga mandatperiod den 20 oktober 2004.