Inrikespolitik

President Yudhoyono har talat klarspråk om Indonesiens många problem men har också formulerat, i motsats till sina företrädare, en vision om Indonesiens framtid. Yudhoyonos politiska program grundar sig fortfarande på Soekarnaos fem principer, de så kallade Pancasila som republiken enligt 1945 års konstitution är grundade på. Flera av de grundläggande strukturella problem som landets ekonomi lider av, såsom omfattande korruption, kommer dock att ta lång tid att komma tillrätta med.

Nu när nästa presidentval, som beräknas hållas i juli 2009, närmar sig är president Yudhoyono fortfarande relativt populär men kritiken mot honom har tilltagit. Bland annat finns påtaglig frustration över att reformtakten är för låg och att den goda ekonomiska tillväxten inte kommer de mest behövande till del. Yudhoyono har också blivit känd som den tvekande presidenten som in i det längsta undviker att fatta obekväma beslut.

Yudhoyono väntas ställa upp till omval, men flera andra kandidater, såsom förra presidenterna Wahid ("Gus Dur") och Megawati liksom Jakartas förre guvenör Sutiyoso, har mer eller mindre officiellt deklarerat att de ställer upp i valet. Nuvarande vicepresident Jusuf Kalla ryktas också kandidera, även om en del hoppas att han än en gång ställer upp som Yudhoyonos vicepresident-kandidat. Få tror att den mycket försiktige president Yudhoyono kommer att ta några politiska risker när valet närmar sig, och 2008 har redan visat sig vara ett politiskt och ekonomiskt avgörande år.

Regionala konflikter
Bland övriga problem som Indonesien lider av är de våldsamma konflikter som har ägt rum i olika delar av Indonesien. 1976 inleddes en konflikt i Aceh mellan självständighetsrörelsen Gerakan Aceh Merdeka (GAM) och indonesiska militärstyrkor, som kom att kräva 15000 liv. Tsunamin som drabbade Aceh på juldagen 2004 ökade omvärldens intresse för regionen och  pressen på Indonesien och GAM att lösa sin meningsskiljaktigheter tilltog. I början av 2005 inleddes formella fredsförhandlingar och i augusti samma år, efter långtgående kompromisser mellan de båda parterna, signerades ett fredsavtal. Aceh blev ej självständigt, men provinsens självstyre ökade genom den särskilda autonomi som gavs Aceh och lokala politiska partier tilläts. Den successiva implementeringen av överenskommelsen mellan den indonesiska regeringen och GAM har hittills gått över förväntan även om samarbetet mellan centralregeringen på Java och de självstyrande myndigheterna i Aceh fortsatt bjuder på en del friktioner.

På Papua är självständighetsrörelsen Organisasi Papua Merdeka (OPM) verksam sedan slutet av 1960-talet då provinsen integrerades med Indonesien. OPM kräver självständighet och har under senare år mött allt hårdare motstånd från polis och militär. I takt med att Indonesien har demokratiserats så har även en bredare rörelse som med fredliga medel engagerar sig för Papua växt fram. Genom att undvika att ställning i mer kontroversiella frågor och istället fokusera på demokratifrågor, mänskliga rättigheter eller utveckling så har ett solidaritetsnätverk formats med förgreningar i Europa, Nordamerika och Oceanien. En lag om särskild autonomi för Papua antogs 2001 men har inte implementerats till fullo. 2003 fattade Indonesien det kontroversiella beslutet att dela in Papua i ytterligare två prvinser. Sedan hösten 2005 har en rad våldsamheter mellan civila och indonesisk militär förekommit, liksom konflikter mellan etniska grupper.

På ögruppen Moluckerna har konflikter mellan muslimer och protestanter sedan januari 1999 resulterat i över 4000 döda, hundratals flyktingar och omfattande förstörelse. Situationen har under de senaste åren stabiliserats på Moluckerna, men förblir spänd.

Våldsamheter med etnisk-religiösa förtecken har också vållat ett stort antal dödsoffer på centrala Sulawesi. En fredsöverenskommelse uppnåddes 2002 under nuvarande vice president Jusuf Kallas ledning, men oroligheterna har ännu inte upphört.

Terrorism och islams radikalisering
Bombdåd utförda av Jemaah Islamiyah (JI) och andra islamistiska organisationer riktade mot västerländska intressen, bl.a. de två Bali-bomberna 2002 och 2005, bomberna mot den australiensiska ambassaden och Marriott Hotel i Jakarta, attacker mot religiösa minoriteter, ökad implementering av lokal sharialagstiftning, och skärpt lagstiftning kring pornografi har lett till diskussioner kring en eventuell radikalisering av islam i Indonesien. Både islamistiska organisationer och krav på sharialagstiftning har dock funnits i Indonesien sedan 1945, och opinionsundersökningar och resultatet i det senaste valet visar att stödet för radikalt islamistiska organisationer med politisk agenda minskar, vilket antyder att det kan vara för tidigt för att dra en sådan slutsats. Däremot kan en tilltagande islamisering, det vill säga intresse för islam som religion, levnadssätt och moraliskt rättesnöre, noteras i det indonesiska samhället. Organisationer med en radikalt islamistisk agenda har också blivit allt bättre på att bedriva lobbyverksamhet utanför de etablerade politiska partierna, varför man kan räkna med att frågan om islams radikalisering i Indonesien kommer att fortsätta att vara aktuell under överskådlig framtid.

Indonesisk polis har under 2007 och 2008 genomfört omfattande räder mot Jemaah Islamiyah och grep i juni flera av dess förgrundsfigurer. Organisationen har därmed marginaliserats, men inte eliminerats, och uppskattas idag ha kring 900 medlemmar spridda över Indonesien. Det finns även andra radikalt islamistiska nätverk i Indonesien, med kopplingar till Al Qaida och som riktat hot mot västerländska intressen i Indonesien, men inga av dessa hot har ännu materialiserats.