Grekland låg flera år i topp inom EU när det gäller försvarsanslagens andel av BNP, men har nu reducerat dem till mindre än 3 procent. Försvarets nya inriktning innebär bl. a omstrukturering till fler yrkessoldater, kortare värnpliktstid och större resurser för internationella operationer.Cypernfrågan/förhållandet till Turkiet: Grekcyprioterna förkastade som bekant den s k Annan-planen i en folkomröstning, medan turkcyprioterna röstade för den. Grekland stöder helt de nu återupptagna förhandlingarna mellan grekcyprioter och turkcyprioter, men anser liksom Nicosia att en lösning kräver en rad ändringar i förhållande till Annans plan. Grekland stöder tanken på fullt medlemskap för Turkiet i EU om landet uppfyller sina skyldigheter (”full compliance, full membership”). Grekland/EU kräver att Turkiet som en del av anslutningsprocessen aktivt medverkar till en lösning att Cypern-frågan, erkänner Republiken Cypern och medverkar till ett normalt grannskapsförhållande med Grekland, däribland till en lösning av de utestående territorialfrågorna i Egeiska Havet. Grekland eftersträvar också en generösare behandling av den grekisk-ortodoxa minoriteten i Turkiet. Det bilaterala förhållandet till Turkiet har annars förbättrats avsevärt. Sedan 1999 har arton bilaterala avtal ingåtts, varav flera militärt förtroendeskapande. Premiärminister Karamanlis besökte Turkiet våren 2008.
FYROM och namnfrågan: Sedan FYROM bildades i spillrorna av det forna Jugoslavien har Grekland motsatt sig att landet benämns ”Makedonien”. En stor del av Grekland utgörs av provinsen Makedonien och man har befarat att Skopje i framtiden skulle göra anspråk på ett återförenande med den grekiska delen. Detta har underblåsts av uttalanden av premiärministern i FYROM. Namnfrågan är den viktigaste utrikespolitiska frågan för den grekiska regeringen just nu. Frågan engagerar de flesta greker och har därmed en påtaglig inrikespolitisk dimension. Regeringen slog efter valen fast att FYROM inte skulle släppas in i Nato om frågan inte var löst, och tog samtidigt initiativ till fortsatta förhandlingar under FN:s egid. Ingen lösning nåddes i tid till Natos toppmöte i Bukarest i april, varför Grekland där förhindrade en inbjudan till FYROM. Namnförhandlingarna har sedan fortsatt.